O Programa tem uma única área de concentração em Atenção Psicossocial que engloba duas linhas de pesquisa e seus respectivos Laboratórios e Núcleos de Pesquisa, assim como as disciplinas correspondentes. O aluno deve participar de ambas as linhas de pesquisa que estão assim divididas:​

a) Políticas Públicas, Gestão e Avaliação de Serviços – (NUPPSAM, LETRAS, LAPSO, PASMEC)

b) Intervenções e Práticas na Atenção Psicossocial – (LEPPS, CLIPSA, NEPECC, LETRAS, PASMEC, PROJAD, VIDPSI- NAIPE)

LABORATÓRIOS E NÚCLEOS DE PESQUISA

O Mestrado Profissional conta com os seguintes Núcleos e Laboratórios de Pesquisa: Núcleo de Pesquisa em Políticas Públicas de Saúde Mental (NUPPSAM); Núcleo de Estudos em Psicanálise e Clínica da Contemporaneidade (NEPECC); Núcleo de Pesquisa Clínica em Psicanálise (CLIPSA); Laboratório de Educação, Trabalho e Assistência em Saúde Mental (LETRAS); Laboratório de Avaliação de Programas e Serviços em Saúde (LAPSO); Laboratório de Estudos e Pesquisas em Psicopatologia e Subjetividade (LEPPS); Programa de Pesquisa e Atendimento a usuários de álcool e outras drogas (PROJAD); Programa Adolescentes, Saúde Mental e Cultura (PASMEC).