O IPUB , comprometido com a moderna visão da reforma psiquiátrica, vem nos últimos anos investindo na humanização de suas enfermarias. Esses espaços destinam-se ao tratamento de pacientes graves, submetidos a intenso risco psicossocial, para os quais  as modalidades externas de tratamento não se mostram adequadas. Idealmente, o período de internação é curto, apenas o necessário para o controle agudo dos sintomas.

Desde 2003, as vagas para internação no Instituto de Psiquiatria passaram a ser submetidas ao controle da Central Estadual de Regulação de vagas da Secretaria Estadual de Saúde.

Para internar o paciente no IPUB o mesmo deve ser levado a um dos quatro serviços de pronto-atendimento psiquiátrico do Município do Rio de Janeiro:

Após serem avaliados pelos médicos desses hospitais os pacientes são admitidos e posteriormente encaminhados ao IPUB.

O Instituto de psiquiatria possui 115 leitos psiquiátricos e 2 leitos para intercorrências clínicas, divididos em duas enfermarias separadas por gênero. Tratam-se de 69 leitos femininos e 48 masculinos. Em ambas as enfermarias, os pacientes são acomodados em quartos, em média compostos por 4 – 5 leitos. Cada uma das enfermarias é guarnecida por um posto de enfermagem, dentro dos quais 2 – 4 leitos são reservados para observação clínica dos pacientes. As duas enfermarias possuem pátios abertos internos, arborizados, bem como aparelhos de tv. Médicos residentes e especializandos são responsáveis pelo acompanhamento de cada um dos internos, sempre com a orientação de um supervisor. De forma integrada ao atendimento médico, psicólogos, assistentes sociais e enfermeiros assistem os pacientes e suas famílias, tendo como o objetivo principal a rápida compensação dos quadros de crise e o retorno total ao convívio social.