Cabe à direção do IPUB velar para que a missão do hospital seja cumprida com excelência, além de favorecer a integração do hospital com o Ministério da Educação (MEC) e Ministério da Saúde (MS), a Secretaria de Estado da Saúde (SES) RJ, a Secretaria Municipal de saúde (SMS) RJ, os demais hospitais da UFRJ e a própria UFRJ.

O IPUB é composto pela direção geral e vice-direção, direção de ensino, direção clinica, direção de extensão e direção administrativa.

Cada uma dessas direções tem funções dentro do seu campo especifico de atuação.

A administração possui uma diretoria clínica, órgão máximo interno que rege as demais chefias de serviços distribuídas por especialidades médicas. Está a cargo da diretoria clínica a resolução de todos os casos pertinentes aos pacientes internados ou em tratamento na instituição.

Eleita para a gestão 2023/2027, a atual direção atual tem a seguinte composição:

Direção Geral: Pedro Gabriel Godinho Delgado
Vice Direção: Marcelo Santos Cruz
E-mail: gabdiretor@ipub.ufrj.br

Direção de Ensino: Maria Paula Cerqueira Gomes
E-mail: paula.cerqueira@ipub.ufrj.br

Direção clínica: Clarisse Rinaldi Salles de Santiago
E-mail: dirclinica@ipub.ufrj.br

Direção de extensão: Maria Cristina Ventura Couto
E-mail: extensao@ipub.ufrj.br

Direção administrativa: José Carlos Lima de Campos
E-mail: josecarlos@ipub.ufrj.br